公司行號於每年五月時，需申報上一年度之營所稅結算申報。
一、結算申報書
該年度之「營業收入」，減掉「營業成本」及「營業費用」後，即為「營業淨利」，再將非營業之收益及損失計入後，可得出課稅所得額（淨利）。
二、書審與查帳
結算申報書的「淨利」計算，可採「書審」或「查帳」。
（一）書審：參考書審率（同業標準）來決定淨利，只要申報的純益率超過標準，可書面進行審核，行業標準率由低至高為「書審率、所得額、淨利率」三個參考級距，若稅局進行抽查時，通常需依較高之淨利率核定。
（二）查帳：依帳上實際銷售額減除成本及費用後計算之，需憑證充足完整，且查帳比書審率更有利時適用。
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書審（同業利潤標準） |
查帳申報 |
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利潤標準 |
書審率%、所得額%、淨利率% |
依實際憑證 |
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被查帳時 |
依淨利率（無法提供帳冊） |
提供完整帳簿憑證 |
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帳務成本 |
低 |
高 |
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適用情況 |
憑證不足，書審較有利時 |
憑證充足，且查帳淨利低於書審時 |
三、公司與行號之營所稅差異
計算出「淨利」後，公司與行業之計稅方式不同。
(一)「公司」：年淨利超過12萬需繳「營所稅」，稅後損益再提列盈餘公積、分配股利（含可扣抵稅）併入個人綜所稅，若未分配需加徵稅額。
營所稅：
淨利12萬內免徵
淨利12 ~20萬，營所稅 = (淨利-12萬)*1/2
淨利20萬以上，營所稅 = 淨利 x 20%
分配股利：
可扣抵稅額 = 股利所得*0.085（上限80,000元） / 或是股利採分開計稅28%。
(二)「行號」：無需繳納「營所稅」，營業淨利直接以「營利所得」併入營業人之「個人綜所稅」。
公司 | 行號 | |
營業額100萬，淨利10萬 | 營所稅：淨利12萬內免繳 | 綜合所得 (營利所得)：10萬 |
營業額200萬，淨利20萬 | 營所稅：4萬 (淨利*20%) | 綜合所得 (營利所得)：20萬 |
營業額2000萬，淨利200萬 | 營所稅：40萬 (淨利*20%) | 綜合所得 (營利所得)：200萬 |
