一般而言，隱形企業的組織結構都具有簡單而精實的特質，這種組織結構會讓營運效率更佳，由於面對的通常為單一產品及單一市場，任務的分配都不會過於精細。通常高階的領導者人數並不多，因此多數的管理人員都是親力親為的，這是一種追求精實的管理思維。
隱形冠軍通常致力於維持一種「工作量多於員工數量」的哲學，降低不具有產能的活動，並透過小組織結構的安排來讓績效透明化，維持較高的運轉效率。和大企業比較的話，隱形企業常常可以一人勝任多職，並隨著不同的時間點及任務需求轉換職位，這種勞動的彈性，提高企業效率的同時更降低了成本。
在研發及生產面而言，隱形企業擁有高度的自主權，並且著重於保護自身的專業技術，也能留住適任的專業人士。當所面對的是一個非核心本業的活動，他們通常會採用外包的方式來進行，一來不分心於非本業活動，二來外包可降低成本，又可從其它專業廠商中得到更好的品質。
隱形冠軍有2/3為家族經營的企業，而創辦人的第二代通常扮演者「企業完善者」的角色，他們通常擁有更高的學歷及國際視野，並能夠提供上一代不曾想過的新思維。然而權力的移交對於隱形企業而言是一項藝術，特別是對於家族企業，因為上一代創業者通常已經習慣掌握權力，也對於自身的領導力及判斷力是充滿信心的，因此要順利交棒並不太容易。
精實管理中強調讓組織結構更為簡單而紮實，整個管理及營運更加的明確，管理層級不宜過多，如此將能成就更具效能的隱形冠軍。
